Nach dem das grosse Erdbeben im Oktober 1356 Basel dem Erdboden gleichmachte, machten sich die Bewohnerinnen und Bewohner daran, ihre Stadt wieder aufzubauen. Geschützt werden sollte sie von einem Mauergürtel und einem Wassergraben. Dabei entstanden auch über 40 Wehrtürme, von denen sieben Tortürme waren. Eines davon – das Spalentor mit Blick auf den grossen Anmarschweg, der von Frankreich her zur Rheinstadt führte. Gegen Ende des 19. Jahrhunderts hemmte die Stadtmauer das Wachstum Basels und wurde als einengend und überholt betrachtet. So ging man daran, die Ringmauer niederzulegen, und die meisten Türme, Tore und Mauer wurden abgebrochen und verschwanden aus dem modernen Stadtbild. Dabei wurde neben dem St. Johanns-Tor und dem St. Alban-Tor auch das Spalentor verschont. Seit dem Abbruch der Stadtbefestigung steht das Tor frei.
Das Spalentor wurde 1933 vom Kanton Basel-Stadt mit Bundeshilfe restauriert und unter Denkmalschutz gestellt.