Einen Schwerpunkt aus der Zeit vor der Reformation bilden kirchliche Kunstwerke, unter welchen der Basler Totentanz und der Basler Münsterschatz zu den Highlights gehören. Im Untergeschoss werden unter dem Leitthema «Wege zur Welterkenntnis» die Basler Wirkteppiche mit den Lebens- und Phantasiewelten des Mittelalters, die Sammlungen der Renaissance- und Barockzeit mit der Kunstkammer als Weltmodell sowie das reiche archäologische Erbe der Region gezeigt. Zu den weiteren kulturgeschichtlichen Glanzstücken zählen das Münzkabinett und die Burgunderbeute.